Verbesserung der CAR-T-Zellen Therapie durch Datenanalyse

Supervisor: Michael Reiter (CVL), Manfred Lehner (CCRI)

Cancer killing T-Cell (Source: Science News Magazine, July 2018)

Praktikum mit Möglichkeit zur Fortführung im Rahmen einer Diplomarbeit in Zusammenarbeit mit dem

Christian Doppler Laborator für CAR-T-Zellen der nächsten Generation

Dieses CD Labor an der St. Anna Kinderkrebsforschung arbeitet an molekularen Werkzeugen zur Verbesserung der sogenannten CAR-T-Zell-Therapie, einer Krebstherapie, welche auf der Verabreichung von genetisch veränderten Immunzellen beruht. Dabei werden T-Zellen, welche normalerweise z.B. virale Infekte abwehren, durch genetische Veränderung mit künstlichen Rezeptorproteinen (den CARs) ausgestattet. Diese sogenannten CAR-T-Zellen können dann auch an Tumorzellen andocken und diese abtöten.

Die CAR-T-Therapie ist eine break-through-Technologie und hat bei nicht behandelbaren Formen von Krebs bereits sensationelle Erfolge ermöglicht. Eines der größten Probleme dieser Therapieform ist aber die derzeit immer noch unzureichende Unterscheidung von Tumorzellen und gesunden Zellen. Daher kann es bei dieser Therapie zum lebensgefährlichen Angriff von gesundem Gewebe kommen. Diese Tatsache ist ein bottleneck im gesamten Feld.

In diesem Praktikum soll in silico getestet werden, welche Strategien sich für eine selektivere Erkennung von Tumorzellen eignen könnten. Schwerpunkt bildet die Analyse von Antigen-Expressions-Daten, die in Form von Matrizen (csv-Dateien) vorliegen. Zum Einsatz sollen Regressionsverfahren, feature selection und/oder moderne machine learning Verfahren kommen.